Αρμόδια Όργανα για την ίδρυση, διοίκηση, οργάνωση και λειτουργία του Π.Μ.Σ., σύμφωνα με το άρθρο 31 του ν. 4485/2017, στο οποίο περιγράφονται και οι αρμοδιότητές τους αντίστοιχα, είναι:

• Η Σύγκλητος του Δημοκριτείου Πανεπιστημίου Θράκης, η οποία είναι το αρμόδιο όργανο για τα θέματα ακαδημαϊκού, διοικητικού, οργανωτικού και οικονομικού χαρακτήρα και ασκεί όσες αρμοδιότητες σχετικά με το Π.Μ.Σ. δεν ανατίθενται από το νόμο ειδικώς σε άλλα όργανα.
• Η Επιτροπή Μεταπτυχιακών Σπουδών, η οποία αποτελείται από τον Αντιπρύτανη Ακαδημαϊκών Υποθέσεων, ο οποίος εκτελεί χρέη Προέδρου, και τους Κοσμήτορες του Δ.Π.Θ. ως μέλη και έχει τις αρμοδιότητες που προβλέπονται στο άρθρο 32 στην παράγραφο 5 του ν. 4485/2017.
• Η Συνέλευση του Τμήματος
• Η Συντονιστική Επιτροπή (Σ.Ε.) του Π.Μ.Σ., η οποία απαρτίζεται από πέντε (5) μέλη Δ.Ε.Π. του Τμήματος που έχουν αναλάβει μεταπτυχιακό έργο, είναι του ιδίου ή συναφούς γνωστικού αντικειμένου με το γνωστικό αντικείμενο του Π.Μ.Σ. και εκλέγονται από τη Συνέλευση του Τμήματος για διετή θητεία, κατά τη λήξη της οποίας με ευθύνη του Διευθυντή συντάσσεται απολογισμός του Π.Μ.Σ., και είναι αρμόδια για την παρακολούθηση και το συντονισμό της λειτουργίας του Π.Μ.Σ.
• Ο Διευθυντής του Π.Μ.Σ., ο οποίος ορίζεται μαζί με τον Αναπληρωτή του, μεταξύ των μελών της Σ.Ε. που κατέχουν τη βαθμίδα του καθηγητή ή του αναπληρωτή καθηγητή, με απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος για διετή θητεία και είναι του ιδίου ή συναφούς γνωστικού αντικειμένου με το γνωστικό αντικείμενο του Π.Μ.Σ.